Cebu fue descubierto por el explorador portugués Fernando de Magallanes en 1521. Fue recibido por el cacique nativo, Humabon, que poco después se convirtió al cristianismo junto con su reina, Juana, y cerca de 400 seguidores a través del bautismo por el P. Pedro Valderrama. Magallanes plantó una cruz para significar este importante evento y la propagación de la faith.To católica conmemora la conversión, Magallanes dio a la reina una estatua del niño Jesús (Santo Niño).

Hoy en día, un santuario para los restos de la cruz sigue en pie, donde los primeros cristianos filipinos convertidos. Llamado cruz de Magallanes, ahora es un importante hito y símbolo del cristianismo en el país.

Filipinos acuden a Cebu en enero para celebrar la fiesta anual del Santo Niño. Esto inspiró la creación de la mayor fiesta religiosa y cultural en Filipinas llama el Sinulog, una pompa de fe en honor al Sto. Niño.